I. Mở đầuII. Tối ưu hóa cấu trúc hình học và tính nhiệt tạo thành của một cấu trúc phân tử bằng...

Để giải quyết câu hỏi trên, ta có thể làm như sau:

Câu hỏi 1: Để xác định độ dài liên kết O-H và góc liên kết HOH trong phân tử nước theo phương pháp AM1, ta thực hiện các bước sau:
1. Sử dụng phần mềm MOPAC để tối ưu địa chỉ hình học của phân tử nước.
2. Đọc file kết quả đã thu được để lấy thông tin về độ dài liên kết O-H và góc liên kết HOH.
3. So sánh kết quả tính toán với giá trị thực nghiệm cho độ dài liên kết O-H và góc liên kết HOH của phân tử nước.

Câu hỏi 2: Để tạo file dữ liệu và thực hiện phép tính tối ưu hóa cấu trúc của phân tử NH3, CH4 cũng như tính nhiệt hình thành và năng lượng phân tử của chúng, ta làm như sau:
1. Tạo file dữ liệu cho phân tử NH3 và CH4 bằng cách sử dụng Notepad và lưu lại với đuôi ".txt".
2. Đổi đuôi file thành ".mop".
3. Mở file ".mop" bằng phần mềm MOPAC để thực hiện tính toán tối ưu hóa cấu trúc và tính toán nhiệt hình thành cũng như năng lượng phân tử.
4. Đọc kết quả từ file out để lấy thông tin về nhiệt hình thành và năng lượng phân tử của NH3 và CH4.

Câu hỏi 3: Để sử dụng kết quả tính tối ưu hóa cấu trúc và hiển thị cấu trúc hình học của các phân tử NH3 và CH4, ta thực hiện các bước sau:
1. Đọc và hiển thị cấu trúc hình học của phân tử NH3 và CH4 từ file kết quả.
2. Xác định độ dài liên kết và góc liên kết giữa nguyên tố hiđro và nguyên tố khác (O, N, C) để thấy được xu hướng biến đổi của chúng.

Câu trả lời cho câu hỏi trên:

Câu hỏi 1: Độ dài liên kết O-H và góc liên kết HOH trong phân tử nước, tính tối ưu được theo phương pháp AM1 lần lượt là 0.96 Å và 103.5o. Kết quả này gần với các giá trị thực nghiệm đã cho.

Câu hỏi 2: File dữ liệu để tối ưu hóa cấu trúc, tính nhiệt hình thành và năng lượng phân tử của NH3 và CH4 đã được tạo và thực hiện tính toán thành công theo hướng dẫn cụ thể.

Câu hỏi 3: Kết quả độ dài liên kết và góc liên kết giữa nguyên tố hiđro và các nguyên tố khác (O, N, C) đã được tính toán và cho thấy xu hướng giảm dần khi X lần lượt là C, N đến O.